Test Nedir?

Shotgun metagenom mikrobiyota testi, dışkı (gait) örneği üzerinden tüm mikroorganizmaların (bakteri, virüs, mantar, arkee) genomik içeriğini doğrudan dizileyen bir yeni nesil dizileme (NGS) yöntemidir. Amplicon bazlı 16S/18S testlerden farklı olarak, tüm genomik DNA’yı hedef alarak hem tür düzeyinde kapsamlı tanımlama hem de fonksiyonel gen analizine imkân tanır. Bu test, bağırsak mikrobiyomunun tam bir haritasını çıkarmak ve sağlık üzerinde nasıl bir etkisi olduğunu anlamak amacıyla kullanılır.
 

Hedef Kitleler

Bireyler ve sağlıklı yaşam merkezleri, bağırsak dengesini öğrenmek ve probiyotik-prebiyotik seçiminde kişisel veri kullanmak isteyenler için bu test önemli bir araçtır. Gastroenterologlar ve diyetisyenler, klinik disbiyozis tanısı, IBS/Crohn/ülseratif kolit yönetimi ve beslenme önerilerini kişiselleştirmek için bu testi kullanabilirler. Ayrıca, araştırmacılar ve biyoinformatik uzmanları, mikrobiyom projelerinde tür kompozisyonu, gen fonksiyonları ve direnç gen profillerine erişim sağlamak için bu verileri kullanabilir.
 

Klinik ve Uygulama Alanları

Shotgun mikrobiyota testi, disbiyozis teşhisinde bağırsak florasındaki dengesizlikleri tespit ederek hedefe yönelik müdahale planı yapılmasını sağlar. Mikrobiyomun gen fonksiyonlarının metabolik sendrom ve kilo kontrolüyle olan ilişkisi, metabolik ve obezite çalışmaları için önemli bir alandır. Ayrıca, antibiyotik direnci izleme amacıyla direnç genlerinin (ARGs) varlığı saptanabilir ve antibiyotik kullanım stratejileri optimize edilebilir. Fonksiyonel profil analizi ise, kısa zincirli yağ asidi (SCFA) üretimi, vitamin biyosentezi ve inflamasyon belirteçleri gen yolaklarını inceleyerek sağlık üzerinde önemli içgörüler sunar.
 

Test Süreci ve Prosedür

Testin ilk aşamasında, steril dışkı toplama kiti ile örnek alınır. Sonrasında yüksek saflıkta mikrobiyal DNA izolasyonu yapılır. Kütüphane hazırlığı ve dizileme aşamasında, shotgun kütüphane hazırlığı yapılarak Illumina ya da benzeri platformlarla yüksek derinlikli dizileme gerçekleştirilir. Bioinformatik analiz aşamasında ise kalite kontrol, metagenomik montaj, tür taksonomisi ve fonksiyonel gen ataması yapılır. Son olarak, tür ve fonksiyon dağılım grafik ve tabloları, direnç genleri listesi ve klinik yorumlar içeren detaylı bir rapor sunulur.
 

Sağladığı Faydalar

Bu test, yüzlerce bakteri türü yanı sıra virüs, mantar ve arkee profillerini sunarak kapsamlı bir tür tanımlaması sağlar. Ayrıca, metabolik yolaklar, enzim aktiviteleri ve potansiyel biyobelirteç genleri hakkında fonksiyonel içgörüler sunar. Kişiselleştirilmiş müdahale için beslenme, probiyotik-prebiyotik seçimi ve antibiyotik yönetimi gibi veriler sağlanabilir. Mikrobiyom temelli antibiyotik direnci izleme sayesinde sağlık riskleri erken fark edilip, tedavi protokolleri güncellenebilir.
 

Uzmanlara Sağladığı Katkılar

Araştırmacılara klinik çalışmalarda mikrobiyom-hastalık ilişkisi ve fonksiyonel gen analizleri için ham veri ve yorum imkânı sağlar. Klinik karar desteği sunarak, gastroenteroloji ve metabolik sendrom yönetiminde mikrobiyom temelli önerilerde bulunulabilir. Ayrıca, veri paylaşımı ile standart veritabanları uyumlu çıktı formatları (BIOM, FASTQ, Kraken raporları) kullanılarak iş akışını hızlandırır.
 

Sık Sorulan Sorular (SSS)

• Numune nasıl korunmalı: Kiti aldıktan sonra buzdolabında 24 saat, +4 °C’de saklanabilir; uzun taşımada buz paketi kullanılır.
• Sonuçlar ne kadar sürede gelir: Ortalama 14–21 iş günü içinde detaylı rapor teslim edilir.
• Test maliyeti nasıl belirlenir: Dizileme derinliği ve analiz kapsamına göre değişir; laboratuvar teklifine bakınız.
• Tekrarlama gerekli mi: Mikrobiyom dinamik olduğu için beslenme veya tedavi sonrası 3–6 ayda bir tekrar önerilir.